마이크로소프트, 세무당국 상대 6300억원대 ‘법인세 소송’…2심 재판 다시

대법 "특허권 사용료, 원천징수대상 저작권 등 사용대가 포함 주장 심리했어야"

6300억원 규모의 법인세 반환 여부를 놓고 미국 마이크로소프트(MS)와 국세청이 벌여온 소송이 최종 결론을 내지 못하고 2심 재판을 다시 하게 됐다.

대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS사와 MS라이센싱(MS의 100% 자회사)이 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부처분 취소소송 상고심에서 MS 측의 승소로 판단한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

재판부는 “원심은 ‘(MS 측이 받은) 특허권 사용료에 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용 대가가 포함돼 있다’는 피고(세무당국)의 주장을 심리·판단했어야 한다”고 판시했다.

미국법인이 특허권을 국외에서 등록했을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우에는 미국법인이 그와 관련해 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없지만, MS의 소득으로 잡힌 사용료에는 국내 미등록 저작권만이 아니라 기술 등이 포함돼있는데 2심이 이를 따지지 않아 잘못된 판결을 내렸다는 것이다.

MS는 2011년 삼성전자에 안드로이드 기반 스마트기기 사업에 필요한 특허 사용권을 주고 사용료(로열티)를 받는 계약을 체결했다. MS나 MS 자회사들이 장래에 소유·통제할 특허까지 모두 포함하는 계약이었다.

이후 삼성전자는 2012∼2015년 4년동안 특허권 사용 대가로 약 4조3582억원을 지급해야 했는데, 삼성전자는 한미조세협약에 따라 전체 금액의 15%인 6537억원가량을 MS 측의 법인세로 세무당국에 납부(원천징수)했다. 특허 사용료를 주면서 일부를 세금으로 떼어놓은 것이다.

이에 MS는 2016년 세무당국에 ‘특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권 사용 대가는 국내 원천소득이 아니므로 원천징수 세액을 환급해야 한다’는 경정을 청구했지만, 세무당국이 경정을 거부하자 2017년 소송을 제기했다.

재판에서는 국내 미등록 특허권에 대한 사용룟가 국내원천소득에 해당하는지, 계약의 사용료 지급대상 무형자산에 저작권과 기술 등이 포함되는지 여부가 법원의 심리대상인지가 쟁점이 됐다.

1·2심은 한미조세조약을 적용하면 MS가 한국에 등록하지 않은 특허권의 사용료는 국내 원천소득으로 볼 수 없다며 MS 측의 손을 들어줬다.

법인세법은 외국법인이 국내에 등록하지 않은 특허권에 대한 사용료도 국내 원천소득으로 보도록 하지만, 국제조세조정법은 국내 원천소득을 구분할 때 조세조약을 우선 적용한다고 규정하고 있다.