25일 기획재정부에 따르면, 조세특례제한법상 수도권에 있는 중소기업이 지방 낙후지역으로 이전할 경우 법인세와 소득세를 초기 7년간 100%, 이후 3년간은 50% 감면해주고 있지만 원주·음성·진천 등 수도권과 가까운 혁신도시 이전 공공기관들은 4년간 100%, 이후 2년간 50%만 깎아주고 있다.
또 기업도시 및 연구개발특구의 경우 다른 지역에서 이전해 온 모든 기관에 대해 3년간 100%, 이후 2년간 50%의 세제혜택을 주고 있으나 혁신도시의 경우는 수도권에서 이전해 온 기관에만 한정해 공제를 받는다.
아울러 혁신도시는 기관에 대한 재산세는 감면 대상이지만 기업도시와 달리 해당 기관 종사자에 대한 재산세는 감면해주지 않는다.
김진범 국토연구원 국토계획연구본부 연구위원은 “혁신도시 이전 기관에 대한 세제 혜택도 좀 더 폭 넓게 적용하는 것이 바람직하다”면서 “기관 종사자를 재산세 감면대상에 포함시키는 것도 고려해야 할 사항”이라고 지적했다.
한편 혁신도시 이전기관 종사자의 경우 이전 후 3년간은 취득세와 등록세 면제 혜택을 받을 수 있지만, 그 대상을 이전 당시 종사자만으로 제한하고 있어 실효가 없는 지원이라는 주장도 나온다.
김지은 대한지적공사 경영지원실 대리는 “하나의 도시가 형성되고 안정적으로 정착되기 위해서는 상당한 기간이 요구되므로 3년이라는 기간이 과연 적정한가에 대해서도 추가적인 논의가 필요하다”고 말했다.
그는 또 “중앙정부와 지방정부 및 공공기관 차원의 거시적 관점에서 서로가 함께 발전할 수 있는방안을 제시할 필요가 있다”고 덧붙였다.
조주현 건국대 부동산학과 교수는 “10개 혁신도시의 입지를 지역별로 안배하는 식으로 진행된 혁신도시 정책의 수단 및 방법론에 대한 진지한 고민이 부족하다”면서 “지금이라도 경상권, 호남권, 충청권 등 지역별 소수 거점을 중심으로 각종 지원과 역량을 결집시키는 것도 좋은 방법”이라고 설명했다.