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서 전 장관은 직권남용, 허위공문서 작성, 공용전자기록 손상 등 '서해 공무원 피살 사건'과 관련해 감청 정보 등이 담긴 군사 기밀을 군사통합정보처리체계(MIMS·밈스)에서 삭제하거나 합참 보고서에 허위 내용을 쓰도록 지시한 혐의를 받고 있다.
김 전 청장도 직권남용·허위 공문서 작성 혐의가 적용됐다. 김 전 청장은 이씨가 월북한 것으로 조작하기 위해 확인되지 않은 증거를 사용하거나 기존 증거 은폐, 실험 결과 왜곡 등을 통해 이씨가 자진 월북했다고 속단하고 수사 결과를 발표했다.
검찰은 지난 13∼14일 서 전 장관과 김 전 청장을 불러 당시 경위 등을 추궁했지만, 두 사람 모두 혐의를 강하게 부인한 것으로 알려졌다.
감사원에 따르면 해양수산수 공무원 고(故) 이대준씨가 피살된 다음 날인 2020년 9월 23일 오전 1시 관계장관회의가 열렸고, 이 회의가 끝난 뒤 서 전 장관 지시에 따라 밈스에 탑재된 군 첩보 관련 보고서 60건이 삭제됐다. 비슷한 시간 국정원도 첩보 보고서 등 총 46건의 자료를 무단 삭제했다.
당시 회의는 서훈 전 국가안보실장의 주재로 서 전 장관을 비롯해 박지원 전 국가정보원장, 이인영 전 통일부 장관 등이 참석했다. 감사원은 안보실 주도로 국방부, 국정원, 통일부 등 관계 기관이 이씨 사건을 '자진 월북'으로 몰기 위해 여러 증거를 은폐·왜곡했다고 보고있다.
검찰은 이번 의혹의 '윗선'을 규명하기 위해 서훈 전 실장, 박지원 전 국정원장도 소환조사할 것으로 보인다.
