박종철 전 총장은 여권에서 촉발된 ‘슬롯머신 사건’ 수사를 이끌며 권력층과 충돌하다 취임 6개월 만에 사퇴했다. 김기수 전 총장은 “총장 퇴임 시기 때문에 검찰 인사가 미뤄지면 안 된다”는 취지로 임기 만료를 한 달가량 남겨두고 사임했지만, 한보사건 재수사 도중 김영삼 전 대통령 차남 현철씨를 구속한 것이 실제 사퇴 배경으로 알려졌다.
이 밖에도 노무현정부에서 검찰총장을 맡았던 김각영·김종빈 전 총장은 정권과 갈등을 겪으면서 임기를 채우지 못했다.