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국세청, ‘세무조사 대전환’… 4월부터 기업이 조사 시기 직접 고른다

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남성환 기자

승인 : 2026. 04. 02. 12:00

임광현 청장, 한경협 간담회서 혁신방안 발표
국세청 상징체계(보도자료용)

국세청이 개청 60주년을 맞아 세무조사 패러다임을 피조사자 중심으로 대전환한다.


앞으로 기업들은 정기 세무조사를 받을 때 결산이나 주주총회 등 민감한 시기를 피해 본인이 원하는 시기에 조사를 받을 수 있게 된다.

 
임광현 국세청장은 2일 서울 여의도 FKl 타워에서 열린 한국경제인협회(한경협) 초청 간담회에 참석해 이 같은 내용을 담은 ‘세무조사 혁신방안’을 발표했다. 이번 조치는 중동 전쟁 장기화와 글로벌 공급망 재편 등 대외 불확실성으로 경영난을 겪는 기업들의 현장 목소리를 반영한 결과다.

가장 파격적인 변화는 ‘정기 세무조사 시기선택제’ 와 ‘중점검증항목 사전공개’ 전면 시행이다. 그동안 정기 세무조사는 국세청이 조사 시기를 결정하면 납세자가 이를 수용해야 하는 구조였다. 이 때문에 기업들은 경영상 중요한 시기에 조사가 겹쳐 업무 효율이 저하된다는 어려움을 토로해 왔다.
 
앞으로는 정기조사 대상자로 선정된 납세자가 안내문을 받은 후 3개월 범위 내에서 희망하는 조사 착수 시기(1·2순위)를 직접 선택할 수 있다. 예컨데 4월에 안내를 받으면 기업 상황에 따라 6월이나 7월 중 원하는 달을 골라 신청하는 방식이다. 실제 조사 착수 20일 전에는 기존과 동일하게 정식 사전 통지도 이뤄진다.
 
국세청은 기업의 예측 가능성을 높이기 위해 세무조사 과정에서 반복적으로 과세되는‘10대 중점 검증 항목도 전격 공개하기로 했다.

공개된 중점 검증 항목 유형은 ▲법인(사업용)신용카드 사적 사용 ▲대표자 등 개인 계좌를 통한 매출 누락 ▲정당한 사유 없이 매출채권 등 임의 포기 ▲근로 사실이 없는 가공인건비 계상 ▲연구·인력개발비 부당 세액공제 ▲가지급금 등의 인정이자 계산 누락 ▲자산화 요건 충족한 비용을 당기 비용 처리 ▲사실과 다른 세금계산서 수수 ▲부가가치세 과·면세 구분 오류 ▲개인적 공급 등에 대한 부가가치세 신고 누락 등이다.
 
국세청은 관련 유의 사항과 실제 과세 사례를 홈페이지에 게시해 기업들이 신고 전 스스로 점검하고 관련 자료를 미리 준비할 수 있도록 지원할 방침이다.
 
국세청은 지난해부터 시행 중인 ‘현장 상주조사 최소화’ 방침도 더욱 공고히 하겠다고 밝혔다. 조사관들이 기업 사무실에 수개월씩 머무르던 관행을 없애고 꼭 필요한 경우에만 현장에 머무르는 방식이다.
 
임 청장은 “기업의 성장이 곧 경제성장이라는 기조에 맞춰 세무조사를 납세자 관점에서 합리적으로 재설계할 것”이라며“ 다만 조사를 하는 방식은 부드럽게 바꾸되, 세무조사 본연의 기능인 탈루 혐의 검증은 이전과 같이 엄정하게 집행하겠다”고 강조했다.
 
류진 한경협 회장은 이에 대해 “기업에 가장 큰 리스크인 ‘예측 불가능성’을 해소해 주는 조치”라며 “이번 혁신방안이 기업 하기 좋은 환경을 만드는 데 큰 도움이 될 것으로 기대한다”고 화답했다.

남성환 기자

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