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이에 행정안전부는 부가가치세 납부실태 일제 점검에 나서는 한편 관련 지자체를 대상으로 학술모임(워크숍) 등을 통한 계도에 나설 계획이다.
15일 행안부는 5개 지자체가 납부하지 않아도 될 부가가치세를 부당하게 지출해 총 119억1000만원의 지방재정 손실이 발생한 사례를 적발했다고 밝혔다.
A시의 경우 2013년 3월 ○○자유구역청사 신축 당시부터 지난해 12월까지 청사 일부를 식당 및 은행 등 총 35여개 업체에 임대하고 약 47억400만원의 사용료를 징수했다.
하지만 식당 등 임대사업장 신축·유지보수비로 지출한 598억5200만원에 대한 부가가치세 54억4100만원 상당은 공제대상이 되는데도 관련 법령을 잘 알지 못하여 공제하지 않고 납부한 사실이 확인됐다.
부가가치세법 제38조에 따르면 지자체 등 사업자가 부동산 임대업 등 자기사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대한 부가가치세액은 공제 대상이다.
행안부는 이 같은 사례가 더 있을 것으로 판단해 지자체와 협업으로 자치단체 소유 수익사업용 건축물에 대한 부가가치세 납부실태 전국 일제점검에 나선다.
이와 함께 관련 지자체와 합동 워크숍을 오는 17일 개최하고 각 지자체가 과잉납부 사실을 자율적으로 확인한 뒤 관할 세무서에 과잉 납부한 금액을 즉시 환급 청구하도록 조치할 예정이다.
행안부 관계자는 “최근 6개월 동안 실시한 국세청 및 지자체 보유 총 7종의 관련 데이터 분석 결과에 따르면 부가가치세 과잉납부 사례는 대다수 지자체에서 나타날 것으로 추정된다”고 설명했다.










