비거주 1주택 종부세 공제 12억 유지…세 부담 상한도 150%로

여론 악화·재검토 요구에 기존 정부안 수정
ISA 계약기간·납입한도 현행 유지

1일 강남구 한 부동산 중개업소에 붙은 매물 정보. / 연합

정부가 실거주 여부에 따라 종합부동산세(종부세) 부담을 차등화하려던 당초 방침을 바꿔 비거주 1주택자의 종부세 기본공제액을 현행 12억원으로 유지하기로 했다. 종부세 세 부담 상한도 당초 개편안에 담긴 200% 인상 방침을 철회하고 현행 150%를 적용한다. 정부가 '과세 정상화'를 내세워 비거주 1주택자 등의 세 부담을 강화하려 했지만, 세 부담 논란과 여당의 재검토 요구가 이어지면서 당초 방침에서 한발 물러선 것으로 풀이된다.

재정경제부는 1일 이재명 대통령 주재로 열린 국무회의에서 이 같은 내용의 '2026년 세제개편안' 정부안을 최종 확정했다고 밝혔다.

정부는 지난달 3일 세제개편안을 발표한 뒤 부처 협의와 입법예고 과정에서 제기된 의견을 반영해 일부 내용을 수정했다. 우선 실거주 1주택자의 경우 기존 개편안대로 기본공제가 현행 12억원에서 14억원으로 상향된다. 반면 비거주 1주택자의 공제액은 당초 9억원으로 낮추려던 방침을 바꿔 현행 12억원을 유지한다.

부부 공동명의 1주택자는 실거주할 경우 현행과 같이 부부 각각 9억원의 기본공제를 적용한다. 비거주자는 당초 각각 4억원으로 축소할 예정이었지만 최종안에서는 각각 6억원으로 조정했다.

직전 연도 재산세와 종부세 합계액을 기준으로 적용하는 세 부담 상한은 현행 150%를 유지한다. 정부는 당초 이를 200%로 높일 계획이었다.

정부는 그동안 '실거주 원칙'에 따라 실거주 1주택자의 기본공제는 확대하고 비거주자의 공제는 축소하는 방향으로 세제개편안을 마련했다. 하지만 발표 이후 이사가 잦고 전세 거주가 보편적인 국내 주거 현실을 충분히 반영하지 못해 비거주 1주택자의 세 부담이 지나치게 커질 수 있다는 지적이 제기되자 방향을 선회한 것으로 보인다.

청년층과 투자자 중심으로 반발이 컸던 개인종합자산관리계좌(ISA) 제도 개편안도 수정됐다. 정부는 일반 ISA의 총계약기간을 5년으로 제한하고 연간 납입한도 미사용분의 이월을 금지하는 방안을 추진했지만, 국민 자산 형성 지원을 고려해 계약기간과 납입한도, 일몰기한을 모두 현행대로 유지하기로 했다.

신설되는 생산적금융 ISA는 최소 계약기간을 3년으로 하되 최대 계약기간에는 제한을 두지 않는다. 연간 납입한도 미사용분의 이월도 허용하고 일몰기한도 두지 않기로 했다. 일정 소득 이하 청년에게 납입금의 10%를 소득공제하는 청년형 생산적금융 ISA는 청년미래적금과 중복 가입할 수 있도록 했다.

이밖에 지방 이전·특구 입주 기업의 세제지원 환류기간은 이전이나 창업 등에 앞서 사업용 유형자산 투자를 시작한 과세연도부터 포함하도록 조정했다. 도시철도 건설용역 부가가치세 영세율 경과조치 대상도 이미 추진 중인 민간·재정사업까지 확대했다.

이날 국무회의에서 의결된 국세기본법·소득세법·법인세법·종부세법·조세특례제한법 등 11개 세법 개정안은 오는 3일까지 국회에 제출돼 정기국회에서 심사될 예정이다.

한편 이날 의결된 세제개편안 중 주가 누르기에 해당하는 상장주식에 대한 평가방법 개선안은 담기지 않았다. 재경부 관계자는 "당·정간 논의 등 충분한 의견 수렴 등을 거쳐 정기 국회 심사과정에서 합리적 개선방안을 마련할 예정"이라고 밝혔다.