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대법원 1부(주심 박정화 대법관)는 30일 한국철도공사가 서울 영등포세무서장 등 세무당국을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 상고심에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈다고 30일 밝혔다.
재판부는 “공익서비스를 통해 철도이용자는 열차의 감면된 운임 대가만을 지급하고 이용하거나, 벽지 노선의 철도서비스에 대해 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이를 계속 이용할 수 있게 됐다”며 “이와 같은 용역을 공급받는 상대방은 이 사건 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 봐야 한다”고 밝혔다.
또 “공익서비스보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인해 발생하는 비용을 보상받기 위해 철도공사가 국토해양부장관과 체결한 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것”이라며 “공익서비스보상액은 구 부가가치세법 13조 2항 4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다”고 판시했다.
철도공사는 2008년 벽지에 철도 노선을 운영하고, 노인·장애인·국가유공자의 철도 이용료 감면과 특수목적 수행을 위한 특별동차의 운영을 제공하고, 국토해양부장관이 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 내용의 ‘공익서비스비용 보상계약’을 체결했다.
국토해양부는 공익서비스의 대가로 2661여억원을 지급했고, 철도공사는 이 금액을 비과세 대상인 국고보조금으로 인식해 이 부분을 제외한 부가가치세를 신고했다.
하지만 영등포세무서 등 15개 세무서는 코레일이 2008년 2기 부가세 신고과정에서 공통매입세액 안분계산(면세사업 매입세입과 과세사업 매입세입을 구분하는 세금산출 과정)을 하면서 이 보조금을 반영하지 않아 매입세액이 과다하게 공제됐다며 57억원의 부가세를 경정·고지했고, 이에 코레일이 소송을 제기했다.
사건의 쟁점은 코레일이 받은 보조금을 부가세 공통매입세액 안분계산의 기준으로 볼 수 있는지 여부였다.
1·2심은 철도공사의 공익서비스는 비과세사업에 해당한다고 보고 그에 대한 대가로 지급된 공익서비스보상액을 비과세사업의 수입금액으로 산정해야 한다고 판단하고 세무서 측의 손을 들어줬다.
대법원은 공익적 사업 비용에 대한 재정 원조로 봐야 한다며, 재판을 다시하라고 결정했다.
